微生物部門
一般細菌検査
微生物検査室は、患者さんから採取した検体から、感染症（敗血症や肺炎、食中毒など）を起こしている原因菌（細菌や真菌）を同定し、どの抗菌薬が有効なのかを検査しています。
具体的には塗抹検査（顕微鏡で検鏡し、菌を推定する）→培養検査→同定・感受性検査を行います。 感染症の中でも敗血症は、どこかの臓器で細菌が増殖し、そこから血液中に菌がたえず侵入し全身が感染症をおこしている重篤な状態です。命に関わる感染症であるため、全自動血液培養装置を導入し、いち早く臨床側に報告できるように24時間監視体制をとっています。 細菌の中には抗菌薬の長期使用によって耐性を獲得し、本来なら効くはずの抗菌薬が効かなくなるケースが増えています。また、薬剤耐性のメカニズムは細菌同士で伝播することが分かっています。こういった薬剤耐性菌が院内で蔓延しないように、検出菌を集計し臨床側に報告することも微生物検査室の役割です。 また、厚生労働省が推進している院内感染サーベイランス（JANIS）にも参加し、院内の薬剤耐性菌監視に力を入れています。
抗酸菌検査
長崎県は結核罹患率が全国上位5位に入る、結核患者が多い県です。 結核は空気感染をするため、感染拡大を防ぐためにもいち早く臨床側に報告する必要があります。 結核菌は発育が非常に遅く培養検査に時間がかかるため、液体培地を用いた全自動抗酸菌培養装置（MGIT）を採用し、迅速性と検出率向上を図っています。また、結核やMAC症疑いの患者さんの検体から菌のRNAを抽出し、増幅検出をするTRCを導入し、より迅速な診断に貢献しています。
迅速検査
臨床に即した抗原検出検査を数多く実施しています。
| ウィルス感染症 | 呼吸器関連検査 |
| インフルエンザウイルス | A群連鎖球菌 |
| RSウィルス | マイコプラズマ抗原 |
| アデノウィルス | レジオネラ尿中抗原 |
| ロタウィルス | 肺炎球菌尿中抗原 |
| ノロウィルス | SARS-CoV-2関連検査 |
| サイトメガロウィルス抗原（PP65抗原） |
| 真菌感染症検査 | その他の迅速検査 |
| カンジダ血中抗原 | CD抗原+トキシン |
| β-Dグルカン | エンドトキシン |
| クリプトコッカス血中抗原 | 髄膜炎ラテックス検査 |
新型コロナウイルス感染症関連遺伝子検査
| RT-PCR法 | GeneXpert システム |
| マルチプレックスPCR法 | Film Array torch |
| TRC法（等温処理法） | TRC Ready-80 |
感染制御支援システム
感染制御支援システムは、院内感染対策や耐性菌監視を総合的に行うシステムです。日常業務のデータをもとに、検査成績はもとより各種感染情報を自動的に解析し配信します。 また、院内LANで電子カルテの端末と接続し、Web上でMRSAをはじめとする耐性菌情報が、各病棟でリアルタイムに検索可能です。更に院内における分離菌頻度、薬剤感受性率等も閲覧可能となっており、一部菌情報・薬剤情報も搭載されています。
